Hammerfestin seurakunnalla kaksi kirkkoa, Hammerfestin kirkko ja Rypefjordin kirkko. Suomalaiset jumalanpalvelukset järjestetään useimmiten Rypefjordin kirkossa, joka sijaitsee noin neljän kilometrin päässä Hammerfestin keskustasta etelään.

Hammerfestin pääkirkko sijaitsee kaupungin keskustassa.