Hammerfestissa sijaitsee kaksi kirkkoa, Hammerfestin kirkko ja Rypefjordin kirkko. Suomalaiset jumalanpalvelukset järjestetään useimmiten Rypefjordin kirkossa, joka sijaitsee noin kahden kilometrin päässä Hammerfestin keskustasta. 

Hammerfestin pääkirkko sijaitsee kaupungin keskustassa. Vuonna 1961 valmistuneen kirkon on suunnitellut arkkitehti Hans Magnus.